Если ямы отстояли друг от друга на 40 -50 вёрст, то откуда могло взяться название церкви "Никола на Ямах"? Было бы "у яма, или на яме". Мне вообще-то кажется, что яма - не такое уж чудо света, чтобы служить ориентиром, тем более называть по ней церковь. Разве что какие-то особенные ямы были. Аргумент в пользу "гончарной" версии - что там добывали глину для гончаров. Хотя я не знаю, как добывали глину. Песок, действительно, добывают в карьерах. Возможно, что в старину их называли ямами.